TSG 1899ホッフェンハイムは、1899年7月1日にドイツ南西部バーデン＝ヴュルテンベルク州ジンスハイムの一地区、ホッフェンハイムで体操クラブとして創設された。1945年に地元のサッカークラブFVホッフェンハイムと合併してサッカー部門が誕生したが、20世紀の大半はドイツ7部から9部を行き来する平凡なアマチュアクラブにすぎなかった。
クラブの転機となったのは2000年代初頭、ヨーロッパ最大規模のソフトウェア企業SAPの共同創業者で、かつてホッフェンハイムでプレー経験もあるディートマー・ホップがパトロンとして支援を開始したことである。潤沢な資金を背景に、クラブはドイツ8部相当から約10年でブンデスリーガへの昇格を果たした。2007-08シーズンにドイツ2部でわずか1年で準優勝し、2008-09シーズンにブンデスリーガ初参戦を迎えた。
クラブ史における最大のハイライトは、2016年にわずか28歳で就任したユリアン・ナーゲルスマン監督の時代に訪れる。2016-17シーズンに4位、翌2017-18シーズンにはクラブ史上最高位となるリーグ3位を達成し、初のUEFAチャンピオンズリーグ・グループステージ出場権を獲得した。国内リーグおよび欧州の主要タイトルはいまだ獲得していない。
ホッフェンハイムのアイデンティティは、その急成長がもたらした論争と切り離せない。人口約3,250人の小さな地区を本拠地とし、長年の伝統的なサポーターベースではなく個人の財力によって築かれたクラブというイメージは、ブンデスリーガにおける評価を複雑なものにしている。この問いはクラブをめぐる議論の核心であり続けている。