FCバイエルン・ミュンヘンは1900年2月27日、ミュンヘンの体操クラブMTVミュンヘンの11名の有志が「サッカー専門クラブを作る」とフランツ・ヨーンの主導で離脱して創設された。創設後数十年は地元のバーゼンのライバル「1860ミュンヘン」の影に隠れた地味な存在だったが、赤と白のクラブカラーは早期から定着。1972年ミュンヘン五輪のためのオリンピアシュタディオン、そして2005年からの現本拠地アリアンツ・アレーナへの移転が、地方の小クラブから世界的強豪への変貌を象徴する。
初の欧州タイトルは1966-67年のカップウィナーズカップだが、クラブを真に定義した黄金期は1970年代半ば、フランツ・ベッケンバウアー、ゲルト・ミュラー、ゼップ・マイヤー、パウル・ブライトナー、ウリ・ヘーネスらを擁したウド・ラテック、デットマー・クラマー両監督下の時代である。1974年、1975年、1976年と欧州チャンピオンズカップ3連覇——ベッケンバウアーの「リベロ」というポジションは中央守備の概念を刷新し、ミュラーの通算365ブンデスリーガ得点は今もクラブ記録として残る。1980年代後半のクラウス・アウゲンタラー・ロタール・マテウス世代を経て、オリヴァー・カーン、シュテファン・エフェンベルク、メーメット・ショルらの世代が2001年、ミラノでバレンシアをPK戦で下し4度目の欧州王者となった。
近代の絶対的ブンデスリーガ支配は欧州サッカー史でも稀有な現象である。2012-13シーズンから2023-24シーズンまでブンデスリーガ12連覇、通算33度のリーグ優勝はドイツ最多を圧倒的に引き離す。ユップ・ハインケス監督による2012-13シーズンの「トレブル」（ブンデスリーガ＋DFBポカール＋UEFAチャンピオンズリーグ、ウェンブリーでボルシア・ドルトムントを撃破）に続き、ハンジ・フリック監督の2019-20シーズンには「6冠（セクスチュプル）」——年間獲得可能な全タイトル制覇——を達成した（バルセロナを準々決勝で8-2で粉砕してUCLを制覇）。これは欧州2クラブ目の偉業である。ロベルト・レヴァンドフスキ、マヌエル・ノイアー、トーマス・ミュラー、バスティアン・シュヴァインシュタイガー、フィリップ・ラーム、ダビド・アラバ、ヨシュア・キミッヒらがこの時代を象徴する。赤く光るアリアンツ・アレーナのファサードはミュンヘンを象徴するランドマーク。ボルシア・ドルトムントとの「デア・クラシカー」が現代ブンデスリーガを象徴する一戦である。