アルメレ・シティFCのルーツは1959年にさかのぼる。アムステルダムで活動していたクラブのサポーターたちが、所属クラブの合併に反発し、「デ・ズワルテ・スハーペン（黒い羊たち）」という新たなクラブを立ち上げたことが始まりだ。その後、合併や改名を繰り返しながら、1990年代半ばにオランダ中部フレヴォラント州の新興都市アルメレへと本拠地を移した。
現在のクラブの原型は2000年に誕生した。アルメレ市がプロスポーツ誘致を目指す官民共同プロジェクトの一環として「FCオムニワールド」が発足し、2005年にエールステ・ディヴィジへの参入を果たした。2010年には現在のクラブ名「アルメレ・シティFC」に改称されている。
クラブの歴史における最大のターニングポイントは、2019年に掲げた「5カ年計画」だ。エールディヴィジ昇格という明確な目標を設定したこの計画は、2023年6月にFCエメンをプレーオフで下したことで結実し、クラブ史上初のエールディヴィジ参入が実現した。2023-24シーズンは1部に残留したものの、2024-25シーズンに最下位となり、エールステ・ディヴィジへの降格が決まった。
国内外の主要タイトル獲得経験はないが、アヤックスとの提携関係や若手選手の育成、そしてクラブと地域社会が一体となった成長の歩みがアルメレ・シティFCのアイデンティティを形成している。2025年には、日本の産業機械メーカー・ヤンマーがクラブを買収した。