フトゥボル・クルーベ・デ・アロウカは、1951年12月25日にポルトガル北部、ポルト大都市圏に属するアヴェイロ県アロウカを本拠地として創設された。創設後約50年間はアヴェイロ地域リーグでの活動にとどまっていたが、2000年代半ばから始まった急速な成長が、クラブの歴史を大きく塗り替えることになる。
2006年から2008年のわずか2シーズンで地域リーグから3部リーグへと駆け上がり、2012–13シーズン終了時にはわずか7年間で4度目の昇格を果たし、クラブ史上初めてポルトガル最高峰のプリメイラ・リーガへの参入を実現した。この偉業を称え、アロウカ市はクラブに金メダル功績賞を授与している。
トップフライトでの最高の瞬間は2015–16シーズンに訪れた。リト・ヴィディガル監督のもとでリーグ戦5位という過去最高順位を記録し、クラブ初のUEFAヨーロッパリーグ出場権を獲得。予選でオランダのヘラクレス・アルメロをアウェーゴール差で下したが、プレーオフではギリシャの強豪オリンピアコスに敗れた。翌シーズンには降格し、2019年5月には劇的な最終節の結果によりプロリーグから9年ぶりに去ることとなった。
主なタイトルとしては、2009–10シーズンのセグンダ・ディヴィザン優勝、2007–08シーズンのテルセイラ・ディヴィザン優勝がある。コンパクトなスタジアムと地元への強い愛着、そして規模を超えた挑戦を続ける気概こそが、このクラブのアイデンティティを形成している。