アタランタ・ベルガマスカ・カルチョは1907年10月17日、イタリア北部ロンバルディア州の都市ベルガモで創設された。クラブ名はギリシア神話に登場する女性アスリートに由来する。1920年に地元ライバルのベルガマスカと合併し、現在のトレードマークである黒と青のカラー（通称ネラッズーリ）が誕生した。州都ではない地方都市を本拠地とするクラブとして、アタランタは常に「強豪に立ち向かう地方クラブ」というアイデンティティを体現してきた。
クラブ初の主要タイトルは1963年のコッパ・イタリアで、トリノを3-1で下して優勝した。その後数十年にわたりセリエAとセリエBの間を行き来しながらも、強豪相手にも臆することなく戦う姿勢から「恐るべき地方クラブ（プロヴィンチャーレ・テリービレ）」と称された。また1987-88年のカップウィナーズカップでは、セリエB在籍中にもかかわらずベスト4に進出するという、UEFAの主要大会における非1部クラブとしては歴史的とも言える成績を残した。
クラブの現代における黄金期は、2016年のジャン・ピエロ・ガスペリーニ監督就任とともに始まった。彼のもとでアタランタはダイナミックな攻撃的サッカーを確立し、クラブ史上初のUEFAチャンピオンズリーグ出場を果たし、2020年にはベスト8まで進出した。そして2024年、UEFAヨーロッパリーグ決勝でバイヤー・レバークーゼンを3-0で撃破し、実に61年ぶりとなるメジャータイトルかつ初の欧州タイトルを獲得した。現在もセリエAに在籍し、多くの優秀な選手を輩出してきた育成アカデミーの評判とともに、ヨーロッパで存在感を示し続けている。