ボローニャ・フットボール・クラブ1909は、1909年10月3日にイタリア北部エミリア＝ロマーニャ州の都市ボローニャで創設された。オーストリア人のエミリオ・アルンシュタインらが中心となってクラブを設立し、1929年のセリエA創設時には創設メンバーの一員となった。
クラブの黄金期は1920年代から1940年代初頭にかけてで、1924–25シーズンにジェノアを下して初の全国タイトルを獲得。その後もセリエA時代に入り、1935–36、1936–37、1938–39シーズンと立て続けにスクデットを制し、戦時中の1940–41シーズンを含めて計7回のリーグ優勝を果たした。この輝かしい記録は、今もクラブの誇りであり続けている。
第二次大戦後はしばらく低迷したものの、1963–64シーズンに23年ぶりのリーグ制覇を達成し、翌シーズンのチャンピオンズカップ（現UEFAチャンピオンズリーグ）出場を果たした。1970年代にはコッパ・イタリアを2度制覇し、1998年にはUEFAインタートトカップも獲得してUEFAカップに出場するなど、欧州の舞台にも名を刻んだ。一方で1980年代以降は降格と昇格を繰り返し、オーナーの交代や財政難にも悩まされる厳しい時期が続いた。
2014年にカナダ人実業家ジョーイ・サプートが経営権を握るとクラブは安定し、2023–24シーズンにはティアゴ・モッタ監督のもとでセリエA5位に入り、60年ぶりのUEFAチャンピオンズリーグ出場権を獲得した。2025年5月にはミランを1–0で下して51年ぶりのコッパ・イタリア優勝も達成。ホームスタジアムは1927年から使用するスタディオ・レナート・ダラーラで、歴代会長の名を冠したこの競技場は、イタリアで10番目の収容規模を誇る。