AFCボーンマスは1899年、イングランド南部の海岸沿いの町ボーンマスで、ボスコムFCとして創設された。1972年に現在のクラブ名に改称し、長年にわたってイングランドサッカーの中下位リーグで戦い続け、地元に根ざしたファンベースを築いてきた。
クラブの歴史における最大の転機は2008年に訪れた。リーグ1（3部）在籍中に経営破綻による勝ち点剥奪でリーグ2（4部）へ降格するという危機的状況に陥ったが、元DFのエディ・ハウが監督に就任してチームを立て直した。その後、ロシア人実業家マキシム・デミンの投資を受けてクラブは着実に力をつけ、2014–15シーズンにチャンピオンシップ（2部）を制してクラブ創設以来初のプレミアリーグ昇格を果たした。
その後5シーズン連続でプレミアリーグに在籍したのち2020年に降格。2021–22シーズンにはスコット・パーカー監督のもとチャンピオンシップを優勝して再昇格を果たした。2度目の降格を経て再びトップリーグへと戻ると、アンドニ・イラオラ監督体制のもとで2024–25シーズンにクラブ史上最高となるプレミアリーグ9位を記録し、勝ち点でも新記録を樹立した。
「チェリーズ」の愛称は、赤と黒を基調としたチームカラーのさくらんぼ色に由来する。小さな海辺の町を拠点としながらも幾度もの逆境を乗り越えてきたその歩みは、クラブの最大のアイデンティティとなっている。国内タイトルとしてはチャンピオンシップ優勝1回とフットボールリーグ・トロフィー（1983–84）優勝1回を誇る。