セルクル・ブルッヘは1899年4月9日、ベルギーのブルッヘでサン・フランシスコ・ザビエル学院の卒業生たちによって創設された。創設当初はサッカーのほか、クリケット、テニス、陸上、自転車競技など複数のスポーツを行う総合クラブとして出発し、1900年にベルギーサッカー協会へ加盟。協会から付与された登録番号「12」は、ベルギー最古参クラブのひとつであることを示す誇りの証である。
クラブは創成期から確かなタイトル実績を残してきた。1910–11シーズンに初のリーグ優勝を達成し、その際は最終節の直接対決でライバルのクラブ・ブルッヘをわずか勝ち点1差で上回った。さらに1926–27シーズンと1929–30シーズンにも頂点に立ち、両大戦間のベルギーサッカーにおける有力クラブとしての地位を確立した。1926–27シーズンはベルギーカップも制して国内2冠を達成しており、カップはその後1984–85シーズンにも2度目の優勝を果たしている。
クラブの歴史は降格と復活の繰り返しでもあった。20世紀を通じて幾度も2部へ降格しながら、そのたびに上位リーグへ返り咲いてきた。1960年代後半にはウルバン・ブラームス監督のもと「5カ年計画」を掲げ、1971年にプロリーグ復帰を果たした。
セルクル・ブルッヘを語る上で欠かせないのが、同じブルッヘを本拠地とするクラブ・ブルッヘとのダービーである。両クラブは収容人数29,042人のヤン・ブレイデル・スタジアムを共用しており、その対戦はブルッヘ・ダービーとして際立った激しさを持つ。現在はベルギー・プロリーグの1部に所属し、ベルギーサッカー創成期からの歴史を今に伝えるクラブとして存在感を示している。