中華台北足球協会（CTFA）の起源は1924年に遡る。当時は中国サッカー協会として中国大陸で設立され、1949年の国共内戦終結後、中華民国政府とともに台湾へ移転した。代表チームは長らく「中華民国」名義で国際試合に臨み、1954年にFIFAへ加盟。その後、中華人民共和国との政治的摩擦を背景とした国際的合意により、1982年に「チャイニーズ・タイペイ」の名称を正式採用した。
チームの黄金期は初期の数十年間にある。1960年のAFCアジアカップでは準決勝に進出して3位を獲得し、これは現在も同大会における最高成績である。また、1954年と1958年のアジア大会ではいずれも金メダルを獲得したが、当時のチームは香港在住の選手に大きく依存していた。この出場資格の取り決めは1970年に終了し、以降チームの成績は大きく低下した。さらに中華人民共和国との政治的対立によりAFCから追放され、1975年から1989年にかけてはオセアニアサッカー連盟（OFC）に所属して国際大会に参加した後、1989年にAFCへ復帰した。
2017年に就任したイングランド人監督ゲイリー・ホワイトのもとで、チームは近年最大の躍進を遂げた。台湾にルーツを持つ海外在住選手を発掘するグローバルスカウティングプログラムを導入し、FIFA公認の7連勝を達成。2019年AFCアジアカップの最終予選まであと1点差に迫った。2017年12月には55年ぶりの公式国際タイトルとなるCTFA国際トーナメントを制覇した。現在のホームスタジアムは、建築家・伊東豊雄が設計した太陽光発電を備える高雄国家体育場（収容人数5万5,000人）である。