エストニア代表は、エストニアサッカー協会（Eesti Jalgpalli Liit、EJL）によって運営される北ヨーロッパの国際サッカーチームである。その歴史は、ピッチ上の成績と同じく、政治的な背景によっても大きく形作られてきた。
エストニアは戦間期に国際サッカーの舞台へ初登場し、1934年のイタリア大会および1938年のフランス大会に向けたFIFAワールドカップ予選に参加した。しかし1940年にソビエト連邦に占領・併合されたことで、国際大会への参加は50年以上にわたって不可能となった。独立を回復した1991年以降、エストニアは1994年W杯予選から国際舞台に復帰し、以降のワールドカップおよびUEFA欧州選手権のすべての予選に参加し続けている。
現代における最も印象的な場面は、UEFA EURO 2012予選プレーオフでのアイルランドとの対戦だった。また、2012年3月にはFIFAランキングで47位という歴代最高順位を記録し、比較的競争力のある時期があったことを示している。その時代を象徴するのがゴールキーパーのマルト・プームであり、バルト地域を超えた国際的な評価を得た選手として知られる。またアウクスブルクやリヴァプールで活躍したラグナル・クラヴァンは、近代エストニアで最も成功したアウトフィールドプレーヤーと広く見なされている。
エストニアはこれまでワールドカップ・欧州選手権いずれにも本大会出場を果たしていない。それでもこのチームのアイデンティティは、長年にわたる不在からの復活という国家そのものの物語と深く結びついている。