FCファマリカンは1931年8月21日、ポルトガル北部ミーニョ地方の都市ヴィラ・ノヴァ・デ・ファマリカンで、6人のサッカー愛好家によって創設された。クラブ最初の試合は1932年、最初のホームスタジアム「カンポ・デ・ベルベリア」のこけら落としとして行われたFCポルト戦だった。当初は緑と白を基調としたユニフォームを着用していたが、その後ポルトとの提携を経て、現在も引き継がれる青と白のカラーに変更された。
クラブ史において最初の輝きを見せたのは1945-46シーズンで、ハンガリー人監督ヤノス・シャボのもとタッサ・デ・ポルトガル準決勝に進出した。プリメイラ・リーガには通算7シーズン在籍しており、1946-47シーズン、1978-79シーズン、そして1990年から1994年にかけての4シーズン連続出場が、クラブ史上最も充実した時代として知られる。
2000年代に入るとクラブは急速に低迷し、2008-09シーズンにはブラガ地域の5部リーグにまで降格した。その後段階的に立て直しを図り、2015年にプロリーグへの復帰を果たした。そして2018-19シーズン開幕前、アトレティコ・マドリードにも出資するイスラエル人実業家イダン・オフェル率いる大手投資会社クアントゥム・パシフィック・グループがクラブの経営権を取得。この資本支援を背景に、ファマリカンは2019年4月、実に25年ぶりとなるプリメイラ・リーガ昇格を勝ち取り、復帰初年度には5位という好成績を収めた。
クラブは1952年からエスタディオ・ムニシパル・デ・ファマリカンをホームとして使用しており、このこぢんまりとしたスタジアムはポルトガル北部の地域コミュニティに根ざしたクラブのアイデンティティを象徴している。