FCアウクスブルクは1907年、ドイツ・バイエルン州のシュヴァーベン地方に位置するアウクスブルク市において、FKアレマニア・アウクスブルクとして産声を上げた。現在のクラブとしての歴史は1969年4月、市内の名門クラブだったBCアウクスブルクとTSVシュヴァーベンの合併によって始まる。新クラブはFCアウクスブルクと名付けられ、市のサッカー力を一本化することが目指された。
創設後の長い年月、クラブは2部と3部のあいだを行き来し、トップリーグへの昇格はなかなか実現しなかった。2000年代初頭には財政難によってリーグライセンスを失い、4部への降格という最大の危機を経験する。しかしクラブは立て直しに成功し、着実に階段を上り、2010-11シーズンにクラブ史上初となるブンデスリーガ1部への昇格を果たした。
その後、アウクスブルクはブンデスリーガの常連クラブとして地位を確立する。最大の輝きを見せたのは2014-15シーズンで、40歳の若き指揮官マルクス・ヴァインツィール監督のもとリーグ5位というクラブ最高成績を記録し、初のUEFAヨーロッパリーグ出場権を獲得した。欧州デビューのシーズンはラウンド32でリヴァプールに敗れたものの、その挑戦はクラブの新たな歴史となった。
クラブカラーは赤・緑・白で、アウクスブルク市の紋章にも通じるデザインが地域との深いつながりを象徴している。最大のライバルはインゴルシュタットと1860ミュンヘンで、特に1860ミュンヘンとの因縁は1973年に8万人を集めた一戦にまで遡る。本拠地WWKアレナでは、バイエルン・ミュンヘンとのバイエルン・ダービーが毎回完売となるなど、根強いファンの支持を誇る。