GOアヘッド・イーグルスは1902年、オランダ東部オーファーアイセル州の都市デーフェンターで「ビー・クイック（Be Quick）」として創設された。1905年にオランダサッカー協会の要請により「ゴー・アヘッド」に改称。1971年にプロ部門が母体クラブから独立した際、デーフェンター市の紋章にも描かれるワシにちなみ「イーグルス」の名が加えられ、現在のクラブ名となった。
クラブの黄金時代は両大戦間期に訪れた。この時期、ゴー・アヘッドは東部地域リーグを圧倒的な強さで制し、1916年から1923年にかけて8連覇を含む15回の地域優勝を達成。そのうち4度（1917年、1922年、1930年、1933年）は全国選手権タイトルに結びついた。第二の全盛期は1960年代後半で、エールディヴィジの強豪として存在感を示し、1967–68シーズンにはアヤックスとフェイエノールトに次ぐリーグ3位を記録。また1971–72シーズンにはいかなる大会においてもアヤックスを唯一破ったクラブとして名を残している。
1990年代から2000年代にかけては2部での長い時期が続いたが、2021年にエールステ・ディヴィジ2位でエールディヴィジへの復帰を果たした。そして2025年4月21日、クラブ史上初めてKNVBカップを制覇し、創立以来初の主要カップタイトルを手にした。
クラブ最大のライバルはPECズヴォレで、両クラブはアイセル川を挟んで近接していることから「アイセル・ダービー」と呼ばれる。FCトウェンテやデ・フラーフスハップも伝統的なライバルであり、イングランドのルートン・タウンとの友好関係もよく知られている。