ヘラクレス・アルメロは1903年5月3日、オランダ東部オーファーアイセル州の都市アルメロで創立された。クラブ名はギリシャ神話のゼウスの息子である半神ヘラクレスに由来しており、1974年に「SCヘラクレス'74」、1998年に現在の「ヘラクレス・アルメロ」と名称を変えながらも、その名の精神を受け継いでいる。
クラブ最大の栄誉は、エールディヴィジ創設以前の時代に遡る。1926–27シーズンと1940–41シーズンにオランダ全国選手権を制し、2度の国内タイトルを獲得した。その後は長らく2部での活動が続いたが、2004–05シーズンにピーター・ボス監督のもとエールステ・ディヴィジを制覇し、28年ぶりにエールディヴィジへ昇格。大方の予想に反して残留を果たすと、その後17シーズン連続でトップリーグに在籍し、クラブ史上最も安定した時代を築いた。2011–12シーズンにはKNVBカップで史上初の決勝進出を果たしたが、PSVに0–3で敗れた。また2015–16シーズンにはエールディヴィジで6位となり、プレーオフを勝ち抜いてUEFAヨーロッパリーグ予選に初出場。創設113年目にして初の欧州舞台を経験した。
2021–22シーズン末に降格したものの、翌2022–23シーズンにエールステ・ディヴィジを制して即座に復帰。通算3度目の2部タイトルとなった。最大のライバルは同じオーファーアイセル州を本拠とするトゥウェンテであり、地域の誇りをかけたダービーはクラブのアイデンティティの一部となっている。