ヒューストン・ダイナモFCは2005年12月15日、テキサス州ヒューストンを本拠地とするクラブとして設立された。サンノゼ・アースクエイクスの選手とスタッフをそのままヒューストンへ移す形でメジャーリーグサッカー（MLS）が新たなフランチャイズとして発足させたものであり、クラブ名・ロゴ・歴史はサンノゼとは切り離された完全な新クラブとして扱われている。創設当初はヒューストン大学内のロバートソン・スタジアムをホームとしていたが、2012年にイースト・ダウンタウンにサッカー専用のシェル・エナジー・スタジアムが完成し、本拠地を移した。
クラブは初年度から圧倒的な強さを見せ、2006年・2007年とMLSカップを連続制覇した。2006年の決勝はMLS史上初のPK戦決着となり、ヒューストンがニューイングランド・レヴォリューションを4-3で下して初タイトルを獲得。翌2007年も同じ相手を延長後半の決勝ゴールで退け、MLS史上2クラブ目となる連覇を達成した。その後も2011年・2012年とMLS Cup決勝に進出しているが、いずれも惜しくも準優勝に終わっている。
国内カップ戦ではUSオープンカップを2018年と2023年の2度制覇しており、タイトルの厚みを増している。テキサス・ダービーとして知られるFCダラスとのライバル関係はMLSを代表する地域対抗戦の一つであり、クラブのアイデンティティを形成している。クラブ名「ダイナモ」はヒューストンが中心を担うエネルギー産業に由来しており、地域との強い結びつきを象徴している。現在はテッド・シーガルがオーナーとしてクラブを率い、ウェスタンカンファレンスの強豪として競い続けている。