FC今治は1976年、愛媛県今治市に大西サッカークラブとして創設された。四国・しまなみ海道の玄関口に位置するこのクラブは、その後いくつかの名称変更を経て、一時は愛媛FCのアマチュア部門「愛媛FCしまなみ」として活動。2012年に愛媛FCから独立し、現在の「FC今治」として再スタートを切った。
クラブの歴史における最大の転換点は2014年11月、元日本代表監督・岡田武史が株式会社今治.夢スポーツの株式過半数を取得したことだ。岡田体制のもと、「岡田メソッド」と呼ばれるトップから育成まで一貫したサッカー哲学の構築が進められ、単なる成績向上にとどまらないクラブの総合的な整備が図られた。2016年2月にJリーグ百年構想クラブに認定され、同年の全国地域サッカーチャンピオンズリーグを制してJFLへの昇格を果たした。
2019年にJFL3位の成績でJ3昇格を実現し、クラブとして初めてプロリーグの舞台に立った。その後5シーズンをJ3で過ごし、2024年11月10日、アウェーの鳥取戦に5-0で勝利してJ2自動昇格を確定。J3通算2位（勝ち点73）でのJ2初昇格を果たした。J2初年度の2025年シーズンは11位で終え、同年9月にはクラブ史上初のJ1ライセンス交付も受け、さらなる上位進出への素地を整えた。
クラブのアイデンティティを語るうえで外せないのが、同じ愛媛県を本拠とする愛媛FCとの「伊予決戦」だ。県内のJリーグクラブ同士が火花を散らすこのダービーは、地域密着を掲げるFC今治にとって特別な意味を持つ。ホームゲームは2023年1月に開業した新本拠地・アシックス里山スタジアムで行われている。