アレマ・フットボール・クラブは1987年8月11日、東ジャワ州マランで設立された。クラブ名は「マランの若者たち」を意味するアレック・マランに由来し、政府の予算に依存しない本格的なプロクラブを目指した元陸軍准将アクブ・ザイナルとディルク・スティスノの構想から生まれた。
クラブのシンボルであるライオン（ジャワ語でシンゴ）は、設立時期が占星術上の獅子座の時期と重なったことに由来し、「シンゴ・エダン（狂えるライオン）」のニックネームで広く親しまれている。また、マラン地域に深く根ざした古代シンガサリ王国との歴史的な結びつきも反映されている。
アレマは1992年にガラタマ（インドネシア初のプロリーグ）で初タイトルを獲得。その後、リガ・インドネシア時代（1994〜2007年）には6度トップ8入りを果たし、2005年・2006年と国内カップ戦を連覇した。2009〜10年のインドネシア・スーパーリーグでは、ロバート・アルバーツ監督のもとでリーグ制覇を達成している。
2011年から2014年にかけてはクラブが二分されるという困難な時期を経験したが、その後統合を果たしアレマFCとして再出発。現在はリガ1に参戦している。
クラブの象徴的なライバル関係はスラバヤのペルセバヤとの「スーパー東ジャワダービー」であり、マランとスラバヤそれぞれの若者文化の対立を背景に、インドネシアサッカー史上最も激しい一戦として知られる。熱狂的なサポーター集団アレマニアの存在もクラブのアイデンティティを形成する重要な柱となっている。