ジェフユナイテッド千葉の起源は1946年にさかのぼる。古河電気工業が千葉県を拠点とする企業サッカー部を創設したことが始まりだ。このチームは1965年の日本サッカーリーグ（JSL）創設時にオリジナルメンバー「原加盟8クラブ」の一員となり、JSL1部に在籍し続けた唯一のクラブとして歴史に名を刻んだ。日本リーグ時代には、リーグ優勝2回、天皇杯4回、JSLカップ3回のタイトルを獲得。1986-87年シーズンには日本クラブ初のアジアクラブ選手権制覇という快挙も成し遂げた。
1991年にJR東日本の企業チームと合併し、1993年のJリーグ開幕時には「オリジナル10」の一員としてJEFユナイテッド市原の名で参加した。プロ時代の最大の転換点は2003年のイビチャ・オシム監督招聘だ。「賢く走るサッカー」を標榜したオシムのもとでチームは生まれ変わり、毎年タイトル争いに絡む強豪へと成長。2005年にはナビスコカップを制し、プロ化後初にして現在唯一のメジャータイトルを獲得した。同年、千葉市がホームタウンに加わったことを機に、クラブ名をジェフユナイテッド千葉に改称している。
2009年に前身のJSL時代を含めて初めて2部降格を経験し、44シーズン連続トップリーグ在籍という記録に幕が下りた。その後15年間をJ2で過ごし、2012年・2014年のプレーオフ決勝など惜しい場面もあったが、2025年シーズンにJ2リーグ3位となりプレーオフを制して17年ぶりのJ1復帰を果たした。
クラブを象徴するライバル関係として、1941年にまでさかのぼる柏レイソルとの千葉ダービーがある。また浦和レッズとともにJSL創設メンバーとして「丸の内御三家」と称された歴史も、クラブのアイデンティティの一部となっている。