コソボにおける組織的なサッカーの歴史は1922年にさかのぼる。この年、ジャコヴァとプリシュティナで初めてのサッカークラブが創設された。第二次世界大戦後の1945年にはコソボ州リーグが設立され、ユーゴスラビアのサッカーピラミッドの一地域部門として機能した。この時代にユーゴスラビア最上位リーグに到達したクラブはわずかで、KFトレプチャ（1977–78年）やFCプリシュティナ（1983–84年から1987–88年）がその代表例である。
コソボのサッカー史において最も重要な転換点のひとつは1991年に訪れた。ミロシェヴィッチ政権によってアルバニア系住民が公共施設から排除される中、コソボサッカー連盟はユーゴスラビアの組織から独立し、同年9月13日にプリシュティナのフラムルタリ・スタジアムで独立後初のリーグ戦を開催した。「コソボ独立リーグ」と呼ばれるこの大会は、市営スタジアムへのアクセスを拒否されたクラブが学校のグラウンドや村の仮設ピッチで試合を続けるという厳しい環境下で運営された。参加者たちにとってこれは単なるスポーツではなく、抑圧のなかで民族的・文化的アイデンティティを守る行為そのものであった。リーグは1998〜99年のコソボ紛争の激化により中断を余儀なくされた。
紛争終結後の1999年、コソボサッカー連盟はスーペルリーガ・エ・コソヴェスという名称のもとリーグを再編。以来、プリシュティナが全シーズン参加を続けリーグ最多の11度の優勝を誇る。2016年のUEFA・FIFA加盟は歴史的な節目となり、コソボのクラブが欧州大会へ参加できる道が開かれた。2022–23シーズンにはバルカニがコソボ初のUEFAグループステージ進出を果たした。