KVメヘレンは1904年、ベルギー・アントウェルペン州の都市メヘレンで創設された。イエローとレッドのストライプを纏うこのクラブは、「マリンワ」や旧フランス語名「マリノワ」とも呼ばれ、ベルギー・プロリーグを主な舞台として長年にわたり活動してきた。
クラブ初の黄金期は1940年代に訪れ、1942–43、1945–46、1947–48シーズンとベルギー・ファーストディビジョンを3度制覇した。その後、長い浮き沈みを経て、1980年代後半に再び輝かしい時代を迎える。1987年にベルギーカップを制して出場権を得たUEFAカップウィナーズカップで、翌1988年にアヤックスを1–0で下して優勝。ベルギーのクラブとしては現在も最後の欧州タイトル獲得例となっている。翌1988–89シーズンにはリーグ優勝も達成し、さらにUEFAスーパーカップでもPSVアイントホーフェンを3–1（2戦合計）で破りタイトルを手にした。
1990年代に入ると財政難から主力選手の流出が相次ぎ、クラブは低迷。2000年代初頭には3部リーグまで降格する苦境に立たされた。その後2度の昇格を果たし、2007–08シーズンに1部リーグへ復帰した。2017年から2019年にかけては八百長疑惑をめぐる問題が表面化したが、2019年5月にはジャン戦を2–1で制し、実に32年ぶりとなる2度目のベルギーカップ優勝を果たした。
クラブの最大のライバルはKRCメヘレンで、その関係は宗教・思想的対立に端を発する長い歴史を持つ。ホームスタジアムは「兵舎の裏」を意味するAFAS-スタジアン・アフテル・デ・カゼルネで、アントウェルペン州各地からサポーターが集まる。