京都サンガF.C.の源流は1922年、京都に創設された京都紫光クラブ（当初は紫郊クラブ）にさかのぼる。これはJリーグに加盟するクラブの前身チームの中で最も古く、企業の一部門ではなくサッカー専門のクラブとして設立されたことが特徴だった。クラブ名の「紫光」は輝く紫を意味し、千年以上にわたって日本の古都として栄えた京都において、紫は皇室ゆかりの色として親しまれてきた。
1993年に京セラやニンテンドーといった地元スポンサーの支援を受けて「京都パープルサンガ」として法人化し、1996年にJリーグへ加盟。しかし初期のトップリーグでの歩みは波乱に富んでおり、2000年・2003年・2006年シーズン終了時にJ2へ降格するという、Jリーグ史上最多の3度の降格を経験した。2003年の降格時には朴智星や松井大輔といった後に欧州で活躍する選手が在籍しており、その時代はサポーターの記憶に深く刻まれている。一方で2002年には天皇杯決勝で鹿島アントラーズを破り優勝。Jリーグ発足後、関西を本拠とするクラブとして初めてのタイトル獲得となった。
2007年にクラブ名を「京都サンガF.C.」に改称。「サンガ」はサンスクリット語で「仲間・群れ」を意味し、仏教文化の中心地としての京都のアイデンティティを体現している。2020年には亀岡市に京都初の専用サッカースタジアムとなるサンガスタジアム by KYOCERAが完成し、新たな本拠地となった。11年ぶりにJ1へ復帰した2022年以降はトップリーグに定着し、2025年シーズンにはクラブ史上最高となるJ1リーグ3位を達成した。