FCロリアンは1926年4月2日、フランス西部ブルターニュ地方の港湾都市ロリアンで創設された。創設初期はアマチュアクラブとして地域リーグを転々とし、1978年と1990年の二度にわたって財政破綻を経験するなど、波乱に満ちた歴史を歩んできた。
クラブの転機となったのは1980年代初頭、元選手のクリスティアン・グルキュフが監督に就任したことだった。彼のもとでチームは急速に力をつけ、1994–95シーズンにはシャンピョナ・ナシオナルを制して本格的なプロクラブとしての地位を確立。1997–98シーズンにディヴィジョン・ドゥで2位に入り、クラブ史上初めてフランス1部リーグへの昇格を果たした。グルキュフは二期にわたって監督を務め（1983–2001年、2003–2014年）、その影響はクラブのアイデンティティに深く刻まれている。
クラブ最大の栄光は2001–02シーズンに訪れた。クープ・ドゥ・フランスの決勝でバスティアを1–0で下し、創設以来初の国内主要タイトルを獲得。同シーズンにはリーグカップ決勝にも進出したが、ボルドーに敗れた。一方でリーグ戦では最下位降格という明暗が交差したシーズンでもあった。翌年は2部所属ながらUEFAカップにも出場している。
ロリアンはアンドレ・ピエール・ジニャック、ローラン・コシールニー、ケヴィン・ガメイロら多くの才能を輩出した育成クラブとしても知られる。2023–24シーズンにゴール差でリーグ・アンを降格したが、翌2024–25シーズンにリーグ・ドゥを制して即座に復帰を果たした。