マリにおける組織的なサッカーの歴史は20世紀初頭にさかのぼる。当時フランス領スーダンと呼ばれたこの地にフランスがサッカーを持ち込み、1930年代にはアフリカ人選手が参加できる最初のリーグが誕生した。1940年代後半にはフォワイエ・デュ・スーダン（後のジョリバAC）やJAデュ・スーダンがフランス領西アフリカカップに参戦し、地域リーグでも存在感を示すようになった。
1960年の独立を機に、政府はリーグを再編してクラブを統合し、今日のマリサッカーを牛耳る二大クラブ、ジョリバ・アスレティック・クラブとスタッド・マリアン・ド・バマコが誕生した。首都バマコを本拠とするこの二クラブに、ASレアル・バマコを加えた「バマコ御三家」は1966年以降すべてのリーグ優勝を独占しており、マリ国内サッカーにおける首都の絶対的な影響力を物語っている。スタッド・マリアンは1964–65年のアフリカ・チャンピオンズカップ決勝に初出場したマリのクラブとなり、レアル・バマコは伝説的なストライカー、サリフ・ケイタを輩出した。ケイタはASサンテティエンヌに移籍後の1970年、マリ人として初めてアフリカ年間最優秀選手賞を受賞した。
2002年のアフリカネイションズカップを自国開催したことでサッカー人気はさらに高まり、国民的熱狂とも呼べる盛り上がりを見せた。ジャン・ティガナ、フレデリック・カヌーテ、マハマドゥ・ディアラ、セイドゥ・ケイタらが欧州クラブで活躍し、マリのサッカーを世界に知らしめた。現在もサッカーはマリで最も人気のあるスポーツであり、街の広場での草サッカーから正式なピッチでの試合まで、広く日常に根付いている。