レアル・クラブ・デポルティボ・マジョルカは、1916年3月5日にスペイン・バレアレス諸島に属するマジョルカ島の中心都市パルマで創設された。当初は「アルフォンソ13世フットボール・クラブ」として登録され、その後スペイン第二共和政期に「クラブ・デポルティボ・マジョルカ」へ改称。1940年代末には「レアル」の称号を再び冠するに至った。
クラブ最大の黄金期は1990年代後半から2000年代初頭にかけてである。エクトル・クーペル、続いてルイス・アラゴネスの監督のもと、1998–99シーズンと2000–01シーズンにラ・リーガで3位という史上最高成績を収めた。1998年のスーペルコパ・デ・エスパーニャも制覇し、1998–99年のUEFAカップウィナーズカップ決勝ではビラ・パークでラツィオに1–2で敗れたものの、大陸舞台でも存在感を示した。2003年にはコパ・デル・レイで優勝を果たし、決勝でレクレアティボ・デ・ウエルバを3–0で下した。このゴールにはウォルテル・パンディアーニと若きサミュエル・エトーが名を連ねた。
その後は降格と昇格を繰り返す苦難の時代が続き、2013年にラ・リーガを降格。一時は4部に落ちる事態も経験したが、2016年のオーナー交代を経て立て直しが進み、複数回の昇格を経てトップリーグに復帰。2024年にはコパ・デル・レイ決勝にも進出した。
クラブは赤いユニフォームに黒いショーツをまとい、収容人数23,142人のエスタディ・マジョルカ・ソン・モイシュをホームとして、地中海の島クラブとして独自のアイデンティティを築いている。