FCメスは1932年3月23日、フランス北東部ロレーヌ地方の都市メスにて、2つのアマチュアクラブが合併して誕生した。クラブの歴史的なルーツはさらに遡り、メスがドイツ帝国領だった1905年に創設されたクラブに端を発する。現在の形で発足してから間もなくプロチームとなり、フランスでも有数の歴史を持つクラブの一つとして知られている。
クラブが最も輝いた時代は1980年代から1990年代にかけてで、フランス・カップを1984年と1988年に、フランス・リーグカップを1986年と1996年に制した。1984年のカップ優勝によりカップウィナーズカップへの出場権を獲得し、第1戦をホームでバルセロナに2－4で落としながらも、カンプ・ノウでの第2戦を4－1で制して6－5のアグリゲートで大金星を挙げたことは、フランスサッカー史に残る歴史的な勝利として語り継がれている。リーグ最高位は1997－98シーズンの2位で、優勝したランスにわずかに届かなかった。
2000年代以降はリーグ・アンとリーグ・ドゥの間を行き来することが多く、2012－13シーズンには一時3部相当のカテゴリーに降格するなど苦しい時期も経験した。2025－26シーズンはリーグ2からの昇格によりリーグ・アンで戦う。
メスはユースアカデミーの優秀さでも国際的に評価が高く、ロベール・ピレス、サディオ・マネ、カリドゥ・クリバリ、エマニュエル・アデバヨールといった世界的な選手を輩出している。最大のライバルはASナンシーとの「ロレーヌダービー」。マルーンと白を基調としたカラーから「レ・グルナ（ザクロ色の者たち）」の愛称で呼ばれ、ロレーヌの地に深く根ざしたクラブとしてのアイデンティティを持つ。