大宮アルディージャの起源は1969年にさかのぼる。当時、国営電気通信事業者NTTの前身である電電公社の関連組織として、埼玉県浦和市に電電関東サッカー部が設立された。その後、1998年に大宮市（現さいたま市）へ本拠地を移し、クラブとして独立法人化。チーム名「アルディージャ」は、スペイン語でリスを意味する「ardilla」に由来し、大宮の公園に生息するリスをシンボルとして採用した。翌1999年、Jリーグに新規加盟した8クラブの一つとして参加した。
Jリーグ参入当初はJ2でプレーし、2004年に初のJ1昇格を果たした。2005年から2014年にかけてはJ1に定着し、堅守速攻を軸としたサッカースタイルで存在感を示した。クラブ史上最高の成績は2016年のJ1リーグ5位であり、この年は守備ブロックからのロングカウンターを磨き上げたシーズンとして記憶されている。タイトルとしては、2015年のJ2リーグ優勝と2024年のJ3リーグ優勝の計2度を誇る。
2024年後半、クラブに歴史的な転機が訪れた。オーストリアの飲料メーカー、レッドブル・ゲーエムベーハーがNTT東日本から全株式を取得し、外資系企業による日本プロスポーツクラブの完全保有という前例のない出来事となった。クラブ名は「RB大宮アルディージャ」に改称され、RBライプツィヒやレッドブル・ザルツブルクなどと並ぶレッドブルのマルチクラブオーナーシップネットワークに加わった。
ピッチ上では、同じさいたま市を本拠地とする浦和レッズとの「さいたまダービー」がクラブのアイデンティティを象徴するライバル関係として知られる。2025年シーズンはJ2で戦い、新体制のもと新たな章を刻もうとしている。