サンディエゴ・フットボールクラブは2023年に設立され、2025年シーズンからMLSに参戦を開始した。リーグの第30クラブとして加盟し、カリフォルニア州に本拠を置く4番目のMLSクラブとなった。クラブの運営は、英国・エジプト系実業家モハメド・マンスールが率いるグループと、連邦政府公認のネイティブアメリカン部族であるスクアン・クメヤイ族による共同オーナーシップ体制のもとで行われている。この組織は約5億ドルのエクスパンション参加費を支払ったと報じられており、本拠地はミッション・バレーに2022年開業したスナップドラゴン・スタジアム（収容人数約3万5,000人）である。
サンディエゴにおけるプロサッカーの歴史は古く、1980年代に北米サッカーリーグ（NASL）やインドアサッカーリーグで活躍したサンディエゴ・ソッカーズが9シーズン中8度のインドア選手権を制した輝かしい実績を持つ。その後、長年にわたってMLSへの参入が検討されたものの、適切なスタジアムの不在がネックとなり実現しなかった。スナップドラゴン・スタジアムの完成がその障壁を取り除き、クラブ設立への道が開かれた。
クラブの象徴的なエンブレムには「ザ・フロー」と呼ばれる円形デザインが採用されており、18本のラインはサンディエゴ郡の18都市を表している。カラーはクロームとアズールで構成される。迎えた2025年シーズン、サンディエゴFCはウェスタン・カンファレンス首位でレギュラーシーズンを終え、獲得ポイント63はMLSにおける新規参入クラブの最高記録を更新した。また、リーガMXのクラブ・ティファナとの公式パートナーシップ協定を締結。これはMLSとリーガMXのクラブ間で初となる取り組みであり、国境を越えた文化的アイデンティティがサンディエゴFCの大きな特徴となっている。