スポーティング・カンザス・シティは1995年に創設され、1996年にメジャーリーグサッカー（MLS）の創設クラブの一つとして初シーズンを迎えた。当初のクラブ名「カンザスシティ・ウィズ」は、カンザス州を舞台にした物語『オズの魔法使い』にちなんで命名されたものである。クラブを設立したラマー・ハントは、NFLのカンザスシティ・チーフスを創設するなど、アメリカのプロスポーツ界に多大な影響を与えた人物だ。翌1997年からはクラブ名を「カンザスシティ・ウィザーズ」に変更している。
クラブ初の黄金期は2000年に訪れた。GKトニー・メオラがMLS記録となる連続無失点を達成し、チームはサポーターズ・シールドを獲得。さらに、RFKスタジアムで行われたMLSカップ決勝ではシカゴ・ファイアーを下し、初の頂点に立った。その後、2010年11月に現在の「スポーティング・カンザス・シティ」へとリブランド。翌2011年にはカンザス州側に建設されたサッカー専用スタジアム（現チルドレンズ・マーシー・パーク）へ移転し、同スタジアムを本拠とする唯一の主要プロスポーツクラブとなった。
2013年には再びMLSカップを制覇。歴代最低気温の中で行われた決勝でレアル・ソルト・レイクをPK戦の末に下し、2度目の戴冠を果たした。USオープンカップも2004年・2012年・2015年・2017年の計4回優勝しており、MLSでも指折りのタイトルホルダーとして知られる。ウィザーズ時代の2000年から選手・指導者として関わり続けるピーター・ヴァーミーズ監督のもと、規律あるサッカーとクラブの一貫したアイデンティティが現在も引き継がれている。