ダーウィン・ヌニェスは1999年6月24日、ウルグアイ北部の街アルティガスに生まれた。10代でモンテビデオへ単身移り住み、名門ペニャロールのユースアカデミーで育った。十字靭帯の重傷を乗り越え、2017年11月にプロデビューを果たす。2019年にはスペイン2部のアルメリアへ移籍し、16試合で16ゴールを記録してリーグ4位タイの得点者となった。
2020年9月、ポルトガルの強豪ベンフィカが当時の移籍記録となる2400万ユーロで獲得。2シーズン目にブレイクし、プリメイラ・リーガで28試合26ゴールを挙げて得点王に輝き、ボーラ・デ・プラタとリーグMVPをダブル受賞した。2021-22シーズンのチャンピオンズリーグ準々決勝ではリバプール相手に2ゴールを決め、当時の監督ユルゲン・クロップの目に留まることになった。
2022年6月、リバプールがクラブ記録となる6400万ポンドでヌニェスを獲得。2024-25シーズンにはチームのプレミアリーグ優勝に貢献し、アンフィールドでの在籍期間を象徴するタイトルをつかんだ。スピードと裏への飛び出しを武器にするダイナミックなセンターフォワードで、前線からの積極的なプレスも持ち味だ。
プレミアリーグ制覇後、5300万ユーロでサウジ・プロリーグのアル・ヒラルへ移籍し、新たなステージでキャリアを続けている。
ウルグアイ代表では2019年に初キャップを獲得し、ペルー戦でデビューゴールを記録。2022年FIFAワールドカップおよび2024年コパ・アメリカにも出場している。