マヌエル・ウガルテは2001年4月11日、ウルグアイの首都モンテビデオで生まれた。地元クラブのフェニックスのアカデミーで育ち、2016年12月にわずか15歳でプロデビュー。21世紀のウルグアイ・プロサッカー史上最年少出場記録を打ち立てた。その後2020年末にポルトガルのファマリカンへ移籍し、2021年8月にはスポルティングCPへと活躍の舞台を移した。
スポルティングではルベン・アモリム監督のもとで急成長を遂げ、2021-22シーズンにはタッサ・ダ・リーガを制覇。2022-23シーズンにはプリメイラ・リーガのシーズンベストイレブンに選出された。その活躍が評価され、2023年7月には移籍金約6000万ユーロでパリ・サンジェルマンへ加入。リーグ・アン開幕直後のボール奪取数でリーグトップに立つなど好スタートを切り、国内三冠達成にも貢献した。2024年8月にはマンチェスター・ユナイテッドへ約5000万ユーロで移籍した。
プレースタイルは激しいタックルと高いボール奪取能力を持つ守備的ミッドフィールダー。ユナイテッドでは中盤の核として起用されており、2025年2月のエバートン戦での同点弾やヨーロッパリーグ準々決勝のリヨン戦での先制ゴールなど、重要な局面で存在感を示している。
ウルグアイ代表には2021年9月にデビューし、30試合以上に出場。2024年コパ・アメリカではトーナメントベストイレブンに選ばれた。