ブレントフォードFCは1889年、当時ミドルセックス州に属し、現在はロンドン・ハウンズロー地区となっているブレントフォードで創設された。地元のローイングクラブとクリケットクラブのメンバーによる会合がきっかけで誕生し、1890年代半ばには「The Bees（ハチ）」という愛称が定着した。
アマチュアリーグや地域リーグを経て、1920年にフットボールリーグ・サードディヴィジョンの創設メンバーとして加入。クラブ最大の黄金期は1930年代で、1932–33シーズンにサードディヴィジョン・サウスを制し、1934–35シーズンにはセカンドディヴィジョン優勝を果たしてクラブ史上初めてファーストディヴィジョン（現在のプレミアリーグに相当するトップリーグ）に昇格した。1935–36シーズンには5位という歴代最高位を記録し、1937–38シーズンには17試合連続で首位に立つなど、一時はイングランドサッカーの頂点に迫る存在だった。
戦後は下位リーグへの降格と昇格を繰り返す厳しい時代が続き、クラブの存続自体が危ぶまれる財政危機も経験した。1991–92シーズンにサードディヴィジョン制覇を果たすも、安定したトップフライトへの復帰は長らく実現しなかった。しかし、統計分析を経営に取り入れたオーナー、マシュー・ベンハムのもとでクラブは変貌を遂げ、2021年のチャンピオンシップ昇格プレーオフを制してプレミアリーグに初参戦。1946–47シーズン以来74年ぶりのトップリーグ復帰を果たした。その後もプレミアリーグのクラブとして定着しつつある。
ライバルは同じ西ロンドンを本拠とするフラムFCとクイーンズ・パーク・レンジャーズFC（QPR）で、地理的な近さがライバル意識をより強いものにしている。