フラムFCは1879年にロンドン西部のフラム地区で創設され、ロンドン最古のプロサッカークラブとして知られる。もともとは地元の教会を母体とするチームで、1898年にプロクラブとして正式に認められた。サザンリーグでは1905–06年と1906–07年に連続優勝を果たし、その実績を引っ提げて1907年にフットボールリーグ（現EFLチャンピオンシップの前身）へ加盟した。
クラブ史を語るうえで欠かせない存在が、ジョニー・ヘインズである。1952年から1970年までの間に657試合に出場し、イングランド代表のキャプテンも務めた「ザ・マエストロ」は、クラブの象徴として現在もファンに愛されている。この時代、フラムは長くトップリーグに踏みとどまり、1975年にはFAカップ決勝に進出したが、ウェストハム・ユナイテッドに0–2で敗れ、惜しくも初優勝はならなかった。
1997年にモハメド・アルファイドがオーナーに就任すると、クラブは急速に力をつけ、2001年にプレミアリーグへ昇格。2002年にUEFAインタートトカップを制し、2009–10シーズンにはUEFAヨーロッパリーグで決勝まで進出したが、延長戦の末にアトレティコ・マドリードに敗れ準優勝に終わった。
2014年に降格後はシャヒド・カーンのもとで1部と2部を行き来する時代が続いたが、2021–22シーズンにEFLチャンピオンシップを制して昇格し、現在はプレミアリーグに定着している。1896年からホームとするテムズ川沿いのクレイヴン・コテージは、西ロンドンの風景に溶け込む歴史的なスタジアムで、チェルシー、ブレントフォード、クイーンズ・パーク・レンジャーズとの西ロンドン・ダービーがクラブのアイデンティティを彩る。