赤道ギニア代表が初の国際試合を行ったのは1975年5月23日で、中国とのフレンドリーマッチに6-2で敗れた。その後、1980年代から90年代にかけてはUDEACカップなど地域大会に散発的に出場するにとどまり、国際舞台での存在感は限られていた。1999年に中央アフリカ共和国を4-2で破り、初の公式戦勝利を記録した。
チームの歴史を大きく塗り替えたのが、ガボンとの共同開催となった2012年アフリカネイションズカップ（AFCON）だった。主要大会への初参加となったホームの舞台で、ンザランゴ・ナシオナル（国民の雷）はリビアを1-0で撃破してグループリーグを突破し、準々決勝まで進出。アフリカ大陸に強烈な印象を残した。さらに2015年には、モロッコの開催辞退を受けて単独でAFCONを開催。準々決勝でチュニジアを2-1で下し、準決勝に進出した後、3位決定戦でコンゴ民主共和国とPK戦の末に敗れ、最終的に4位という最高成績を収めた。
2017年大会と2019年大会の予選を突破できなかった後、2021年AFCONでは史上初めて通常予選を通じての本大会出場を果たす歴史的快挙を達成。大会では前回王者のアルジェリアを撃破し、ラウンド16ではGKヘスス・オウォノが2本のPKを止マリとのPK戦を制して8強入り。最終的には優勝したセネガルに敗れたが、チームとして大きな自信をつかんだ大会となった。
代表チームのアイデンティティは、チュニジアとの近年の宿命的な対戦関係と、領土問題を背景に持つ隣国ガボンとの伝統的なライバル関係によって形成されている。一方で、外国籍選手の帰化をめぐる問題がチームに影を落とし続けている側面もある。