ジブラルタルF.C.は1893年11月、イベリア半島南端に位置するイギリス海外領土・ジブラルタルで創設された。もともとクリケット選手たちが冬季にもスポーツを楽しむ手段として設立したクラブであり、それまでジブラルタルでのサッカーはイギリス軍関係者がほぼ独占していたなか、民間人による最初期のクラブの一つとなった。
クラブの誕生は、地域全体のサッカー熱を大きく高める契機となった。一般市民の間に競技が広まったことで、やがてジブラルタル民間サッカー協会が発足し、1895年にはジブラルタル・フットボールリーグが創設された。そのリーグ初年度にジブラルタルF.C.は優勝を果たし、同地のサッカー史に名を刻んだ。また、マーチャンツカップ初代王者との記録も残っているが、当時の資料には異説もあり、確定的な結論には至っていない。
初期の栄光の後、クラブは長い低迷期を経験し、リーグ2度目の優勝は1923–24シーズンまで待つことになった。カップ戦ではロックカップを1894–95年に制している。タイトルとしてはこれらリーグ2度とカップ1度が記録に残る主な実績である。
近年、男子チームはジブラルタル・フットボールリーグへの参加を取りやめているが、女子チームが活動を続けており、2011年には女子リーグ優勝を果たしている。クラブの存在意義は、イギリス文化と地中海の風土が混じり合ったジブラルタルという特別な地で育まれた、最古参のスポーツ機関の一つであるという点にある。