ハンブルガーSVは1887年にドイツ・ハンブルクで複数のクラブの合併により前身が創設され、1919年に現在の「ハンブルガーSV」として正式に統合された。ドイツ第二の都市を本拠地とするクラブは、長年にわたってドイツサッカー界を代表する存在として知られてきた。
クラブの歴史において最も輝かしい時代は、エルンスト・ハッペル監督のもとで迎えた1970年代後半から1980年代前半にかけてである。ブンデスリーガでは1978-79、1981-82、1982-83シーズンと3度の優勝を果たし、後半2回は連覇を達成。1982-83シーズンのUEFAチャンピオンズカップ決勝ではフェリックス・マガトの決勝弾によりユヴェントスを1-0で下し、クラブ史上初かつ唯一の欧州制覇を成し遂げた。また1976-77シーズンにはUEFAカップウィナーズカップでアンデルレヒトを破り優勝しており、同一クラブが10年以内に複数の欧州タイトルを獲得した稀有な例となっている。国内ではドイツ選手権で3回、DFBポカールで3回の優勝も記録している。
クラブの大きなアイデンティティとなっていたのが、ブンデスリーガ創設（1963年）以来54年間にわたって一度も降格を経験しなかったという記録である。しかし2017-18シーズンにその伝統は幕を閉じ、クラブ史上初の2部降格が決定した。その後、昇格争いでの惜敗が続いたが、2024-25シーズンに自動昇格圏内での2位以上を確定させ、8年ぶりのブンデスリーガ復帰を果たした。
クラブ最大のライバルはFCザンクトパウリであり、ハンブルク市内の地域性と文化的背景を色濃く反映した特別なダービーとして知られる。