FCナントは1943年4月21日、第二次世界大戦中にフランス西部ペイ・ド・ラ・ロワール地域圏の都市ナントで、地元の5クラブが合併して誕生した。1945年にプロクラブとなり、着実に昇格を重ねて1963年にはフランス1部リーグへと進出した。
ナントはフランスサッカーを代表するクラブのひとつとして頭角を現した。ホセ・アリバス監督のもと、組織的・攻撃的なプレースタイル「ジュ・ア・ラ・ナンテーゼ（ナント主義）」を確立し、これがクラブの哲学的なアイデンティティとなった。この時代に1965年・1966年のリーグ優勝を果たし、その後もジャン＝クロード・スオード、レイノー・ドゥヌエ両監督がこの精神を引き継いだ。リーグ・アン（旧ディヴィジョン・アン）では計8回の優勝を誇り、クープ・ドゥ・フランスも4回（1979年・1999年・2000年・2022年）制している。1995-96シーズンのUEFAチャンピオンズリーグではベスト4まで進出した。
ナントが長年誇りとしてきたのが充実した下部組織であり、マルセル・デサイー、ディディエ・デシャン、クロード・マケレレ、クリスティアン・カランブーといった世界的な名選手を輩出してきた。2020年代に入ってからも、2022年に2000年以来となるクープ・ドゥ・フランスを制した。
クラブの主なライバルはジロンダン・ボルドー（アトランティック・ダービー）とスタッド・レンヌ（ブルターニュ・ダービー）であり、ホームスタジアムは1984年に開設されたスタッド・ドゥ・ラ・ボージョワールである。