SSCナポリは1926年8月1日、ナポリにて「インテルナプレスFC」と「ネーピルス・フットボール＆クリケット・クラブ」（後者は1904年創設）が合併して創設された。本拠地のスタディオ・ディエゴ・アルマンド・マラドーナは1959年に開設され、2020年にマラドーナの逝去を受けて「スタディオ・サン・パオロ」から現名称へと改称された。空色（アッズーロ）のユニフォームは、ナポリ湾の色を讃えたものである。
クラブを定義した黄金期はディエゴ・マラドーナ在籍時代（1984-1991）に訪れた。世界サッカー史上、一つのクラブに最も大きな影響を与えた選手と言われるマラドーナと共に、1986-87シーズンにクラブ史上初のスクデットを獲得——南イタリアのクラブによる初の主要タイトルであり、街全体が数週間にわたって祝祭に沸いた歴史的事件であった。1989-90シーズンに2度目のスクデット、1988-89シーズンにはUEFAカップも制覇。2020年のマラドーナ逝去後、クラブは背番号10を永久欠番とした。マラドーナの肖像は街のアイデンティティそのものとして、サッカー界でも稀有なほど深く根付いている。
マラドーナ時代後は財務破綻、セリエB／Cへの降格を経験するも、2004年に映画プロデューサーのアウレリオ・デ・ラウレンティスが破産から救済する形で買収。クラブをゼロから再建した。2007年にセリエA復帰を果たすと、エディンソン・カヴァーニ、マレク・ハムシク、ロレンツォ・インシーニェ、ドリース・メルテンスらに支えられ、徐々にイタリアの強豪へと復活していった。3度目のスクデットは2022-23シーズン、ルチアーノ・スパッレッティ監督のもと——マラドーナ時代最後の優勝から33年ぶり——に達成された。フヴィチャ・クヴァラツヘリア、ヴィクター・オシメンを筆頭にナポリの世代交代したファンが「親世代から聞いた優勝」をようやく自身の目で見届けた瞬間だった。2024-25シーズンにはアントニオ・コンテ監督下で4度目のスクデットを獲得。ユヴェントスとの南北イデオロギー対立、ローマとの近隣ライバル関係が、国内の代表的な対戦カードである。