SCフライブルクのルーツは1904年に遡る。同年、ドイツ南西部バーデン＝ヴュルテンベルク州の都市フライブルク・イム・ブライスガウで、フライブルガーFV04とFCシュヴァルベ・フライブルクという2つのクラブが相次いで創設された。両クラブは1912年に合併してスポルトクルブ・フライブルクを結成し、現在のSCフライブルクへと続く歴史が始まった。
長らく地域の中堅クラブに留まっていたフライブルクに転機をもたらしたのが、1991年に就任したフォルカー・フィンケ監督である。フィンケは緻密なゾーンディフェンスと流動的なショートパスサッカーを浸透させ、就任2年目の1992–93シーズンにはクラブ史上初となるドイツ2部優勝を果たしブンデスリーガへ昇格。さらに1994–95シーズンには当時の王者ボルシア・ドルトムントにわずか3ポイント差の3位という歴史的成績を残した。そのスタイリッシュなプレーぶりから「ブライスガウ地方のブラジル人」という愛称が生まれ、翌年にはUEFAカップにも出場した。フィンケ体制の16年間でクラブはドイツ2部優勝を計4度（1992–93、2002–03、2008–09、2015–16）達成し、降格を繰り返しながらも常にトップリーグへ返り咲く底力を示し続けた。
2011年末に就任したクリスティアン・シュトライヒ監督のもとでもクラブは躍進を続け、2012–13シーズンのリーグ5位、複数回のEUROPAリーグ出場、そして2021–22シーズンには初のDFBポカール決勝進出を果たした。2024年に就任したユリアン・シュスター監督のもと、2024–25シーズンは最終節までチャンピオンズリーグ圏内を争う健闘を見せ、5位でシーズンを終えた。
限られた予算のなかで「フライブルガー・フースバルシューレ」に代表される優れた育成部門と環境都市フライブルクらしいエコロジーへの取り組みを武器に、SCフライブルクはドイツサッカーを代表する模範的クラブとして広く評価されている。