スロベニア代表の歴史は、1921年にリュブリャナ・フットボール地区協会（現在のスロベニアサッカー協会の前身）が編成した地域代表チームにまで遡る。当時はセルビア人・クロアチア人・スロベニア人王国の一部として、フランスとの試合でその第一歩を踏み出した。ユーゴスラビア時代には、スロベニア出身の選手たちは主にユーゴスラビア全土のリーグ構造の中でプレーし、ブランコ・オブラクやスレチュコ・カタネツら一握りの選手がユーゴスラビア代表として活躍した。
1991年のスロベニア独立に伴い、代表チームは正式に再編され、独立国家としての初の公式国際試合を1992年にエストニアと行った。その後、着実に力をつけたチームはUEFA EURO 2000への出場権を獲得し、独立後初の主要国際大会への参加を果たした。さらに2002 FIFAワールドカップにも出場し、世界の舞台で存在感を示した。
長い主要大会不在の時期を経て、UEFA EURO 2024への出場権を獲得。スロベニアが欧州の競争力あるレベルを維持し続けていることを改めて証明した。国内ではNKマリボルとNKオリンピヤが二大クラブとして知られ、スロベニアサッカー協会が国内競技全般を統括している。
スロベニア代表のアイデンティティは、人口の少ない小国でありながら国際舞台で存在感を示す点にあり、オーストリア＝ハンガリー帝国時代から続く長い歴史と、独立後の近代サッカーの伝統が融合した独自のスタイルを体現している。