ナタン・アケは1995年2月18日にオランダのハーグで生まれ、ADOデン・ハーグのユースを経てフェイエノールトでプレー。2010年、15歳でチェルシーのアカデミーに加入した。2012年のボクシングデーにはノリッジ・シティ戦でプレミアリーグデビューを飾り、翌2013年にはUEFAヨーロッパリーグ優勝メンバーに名を連ねた。同シーズンにはクラブのヤング・プレーヤー・オブ・ザ・イヤーも受賞している。
その後、リーディング、ワトフォード、ボーンマスへのローン移籍を経験した。なかでもボーンマスでの活躍は印象的で、2016年12月のリバプール戦では3-1のビハインドをひっくり返す逆転劇の立役者となり、アディショナルタイムに決勝点を挙げた。この活躍が評価され、2017年6月に当時のクラブ記録となる2000万ポンドでボーンマスへ完全移籍。初シーズンにはファン投票とチーム内投票の両方でシーズン最優秀選手に輝いた。
2020年8月、マンチェスター・シティが4100万ポンドで獲得。以降、プレミアリーグ4度制覇、UEFAチャンピオンズリーグ優勝（2023年決勝でスタメン出場）、FIFAクラブワールドカップなど数多くのタイトルを手にしている。シティではディフェンスラインに安定した選択肢を提供する存在として起用されている。
センターバックを主戦場としながら左サイドバックもこなす、状況判断と空中戦に優れた安定感のあるディフェンダーである。オランダ代表としては2017年5月31日にシニアデビューを果たし、2022年FIFAワールドカップでは準々決勝進出に貢献した。