サガン鳥栖は1997年2月、佐賀県鳥栖市に創設された。前身の鳥栖フューチャーズが経営破綻に陥る中、クラブの存続を求める5万人以上の署名が集まり、その民意を受けて新たなクラブが誕生した。クラブ名の「サガン」は、砂粒が集まって砂岩となるように、小さな力を結集して大きな存在になるという意味を持ち、地域とともに歩む鳥栖の姿勢を象徴している。
旧JFLでの活動を経て、1999年にJ2リーグ創設時の「オリジナル10」のひとつとして加盟。その後も財政的な苦難が続いたが、幾度もの危機を乗り越え、クラブとしての基盤を着実に固めていった。そして2011年シーズン終了後、J2加盟から13年目にして初めてJ1昇格を果たした。
2012年のJ1初挑戦では、即時降格との下馬評を覆して5位という好成績を残し、ホームゲームの勝率はリーグ全18クラブ中最高を記録した。2014年にはリーグ首位に立つ場面もあり、クラブ史上最も優勝に迫ったシーズンとなった。2018年にはFWフェルナンド・トーレスが加入し、国際的な注目を集めた。13年間にわたったJ1での戦いは2024年10月に幕を閉じ、2025年からは再びJ2の舞台でのスタートとなっている。