1. FCケルンは1948年、ドイツ・ノルトライン＝ヴェストファーレン州ケルンにて、地元の名門クラブ「ケルナーBC 1901」と「SpVggズルツ07」の合併によって誕生した。ラインラント地方に根ざした長い歴史を引き継ぎ、創設直後からドイツサッカー界で存在感を示していった。
1962年にはドイツ・サッカー選手権で優勝を果たし、翌1963年にはブンデスリーガの創設メンバーの一員となる。さらに1963-64シーズンには初代ブンデスリーガ王者に輝いた。クラブ最大の黄金期は1970年代後半で、ヘネス・バイスバイラー監督のもと、1977-78シーズンにブンデスリーガとDFBポカールの2冠を達成。このシーズンには日本人プレーヤーの先駆者である奥寺康彦も在籍し、活躍を見せた。クラブはブンデスリーガ優勝2回、DFBポカール優勝4回を誇り、1986年にはUEFAカップ決勝にも進出している（レアル・マドリードに敗退）。
1990年代以降は成績が低迷し、1部と2部を繰り返し行き来する「昇降格クラブ」として知られるようになった。2010年代半ばには立て直しに成功し、2016-17シーズンには5位でフィニッシュして25年ぶりのUEFAヨーロッパリーグ出場を果たした。しかしその後も降格と昇格を繰り返し、直近では2024-25シーズンにブンデスリーガ2部を制し、トップリーグへの復帰を決めた。
クラブのシンボルは「ヘネス」と名付けられた本物のヤギのマスコットで、熱狂的なサポーターと共にケルンの街の誇りとなっている。最大のライバルはボルシア・メンヒェングラートバッハとのライン・ダービーであり、フォルトゥナ・デュッセルドルフやバイエル・レバークーゼンともしのぎを削る。ホームスタジアムはRheinEnergieStadionで、チームカラーは白と赤。