FC東京の起源は1935年にさかのぼる。東京ガスが東京都内に実業団サッカー部を創設したことがクラブの始まりであり、長年にわたって都内および関東のアマチュアリーグで活動を続けた。1990年代に日本のプロサッカーが本格化すると、クラブは組織改革を進め、1999年に「FC東京」としてJリーグ ディビジョン2へ参入。同年J2で2位に入り、1年でJ1昇格を果たした。
2000年のJ1初挑戦では限られた戦力ながら7位と健闘し、「東京のクラブ」としての存在感を示した。ブラジル人FWアマラオは「キング・オブ・トーキョー」と呼ばれ、クラブの象徴的存在として長く愛された。2004年にはクラブ初のJリーグカップ優勝を果たし、2009年にも同タイトルを獲得。2010年にJ2降格を経験したものの、2011年にはJ2優勝とともに天皇杯も制覇。J2在籍中に天皇杯を制したクラブは史上初の快挙であった。2020年には3度目のJリーグカップ優勝を達成し、2019年シーズンにはJ1で2位という過去最高の成績を収めた。
クラブを象徴するライバル関係として、多摩川を挟む川崎フロンターレとの「多摩川クラシコ」と、東京の覇権をかけた東京ヴェルディとの「東京ダービー」の2つがある。ホームスタジアムは調布市の味の素スタジアムで、J1屈指の収容規模を誇る。