ヴィッセル神戸のルーツは1966年に兵庫県神戸市にて創設された川崎製鉄サッカー部にある。1995年、阪神・淡路大震災で甚大な被害を受けた神戸市の復興のシンボルとして「ヴィッセル神戸」へ改称した。「ヴィッセル」はvictory（勝利）と vessel（船）を組み合わせた造語で、港湾都市・神戸のアイデンティティを表現している。1997年にJ1へ昇格し、ノエビアスタジアム神戸（旧御崎公園球技場、収容3万132人）を本拠地とする。
2003年に楽天創業者の三木谷浩史「ミッキー」が買収して以降、ヴィッセルは降格圏争いを繰り返す地方クラブから、Jリーグ屈指の野心的プロジェクトへと変貌を遂げた。世界的な注目を集めたのは2018年、バルセロナからスペイン代表のワールドカップ優勝メンバー、アンドレス・イニエスタを獲得したことに始まる。続いてルーカス・ポドルスキ、トーマス・フェルマーレン、ダビド・ビジャらを次々と獲得。「グローバル・ブランド」プロジェクトとして神戸の国際的知名度を大きく押し上げた。
2019-20シーズンの天皇杯がクラブ初の主要タイトル獲得となり、決定的なブレークスルーは2023年——大迫勇也、山口蛍、佐々木大樹らの日本人代表選手と、サプライズとなったFW本田裕貴らの活躍で、クラブ史上初のJ1リーグ優勝を達成した。2024年には富士フイルムスーパーカップも獲得。2024年で退団したイニエスタはクラブの文化を変え、現在は日本人ベテラン勢が中心となってクラブを牽引している。セレッソ大阪、ガンバ大阪との「関西ダービー」がクラブを象徴する戦いとなっている。