AFCアヤックスは1900年3月18日、アムステルダムにて創設された。ギリシャ神話の英雄アヤックスにちなむ命名である。象徴的な赤と白のたすき柄ユニフォームと、1928年に採用されたアヤックス・オブ・サラミスの紋章は、創設初期から続くアイデンティティ。1996年に旧本拠地デ・メーア・スタディオンから、伝説的選手・哲学者のヨハン・クライフを讃えて命名されたヨハン・クライフ・アレーナ（旧アムステルダム・アレーナ、収容55,500人）へ移転した。
リヌス・ミケルス（1965-1971）、シュテファン・コヴァチ（1971-1974）両監督下の「トータル・フットボール（オランダ語: Totaalvoetbal）」黄金時代は、世界サッカーを革命した。「どの選手もどのポジションもこなせる」というシステムは、ヨハン・クライフ（バロンドール3度受賞）、ヨハン・ニースケンス、ピート・カイザー、GKハインツ・シュトゥイらによって体現された。アヤックスは1970-71、1971-72、1972-73年と欧州チャンピオンズカップ3連覇——レアル・マドリードに次ぐ史上2クラブ目の偉業を達成した。「トータル・フットボール」の哲学はクライフと共にバルセロナへと伝わり、近代サッカーのDNAそのものとなった。
2度目の黄金期はルイ・ファン・ハール監督下の1990年代。1994-95年シーズンのチームはエドウィン・ファン・デル・サール、フランク・デ・ブール、ロナルド・デ・ブール、エドガー・ダーヴィッツ、クラレンス・セードルフ、マルク・オフェルマルス、パトリック・クライフェルト、ヤリ・リトマネンらを擁し、UEFAチャンピオンズリーグ決勝でミランを下し優勝した。アヤックスのユースアカデミー「デ・トゥコムスト（未来）」は世界サッカー史上最も有名な育成機関で、クライフ、マルコ・ファン・バステン、フランク・ライカールト、パトリック・クライフェルト、ヴェスレイ・スナイデル、クリスティアン・エリクセン、フレンキー・デ・ヨング、マタイス・デ・リフトら数え切れないスター選手を世界に送り出してきた。エールディヴィジ36度の優勝は、オランダ国内で他クラブを大きく引き離す記録。フェイエノールトとの「デ・クラシーケル」がオランダサッカー界を象徴する一戦である。