藤枝MYFCは2009年に静岡県藤枝市を拠点として創設された。クラブ名の「MYFC」は「わたしのフットボールクラブ」を意味し、インターネット上のオーナー会員が戦術や運営方針を投票で決める「ネットオーナーシステム」を採用した、日本初・世界でも2番目の試みとして注目を集めた。
2010年には東海社会人サッカーリーグの静岡FCと合併してクラブの基盤を固め、同年および翌2011年に東海リーグ1部を連覇。2011年末には日本フットボールリーグ（JFL）への昇格が承認された。2013年にはJリーグ準加盟が認められ、2014年にJ3リーグの創設メンバーとして加入。以降9シーズンにわたって3部を戦い、2019年のリーグ3位など着実に力をつけた。
2022年シーズンにはJ3で過去最高となる2位（勝点67）でフィニッシュし、クラブ史上初のJ2昇格を達成。翌2023年のJ2初参戦では12位と残留を果たし、同年9月にはJ1ライセンス取得要件を満たしていることも確認された。また2023年シーズンには静岡県内の清水エスパルス・ジュビロ磐田ともにJ2に所属し、県内ダービーが注目を集めた。ホームの藤枝総合運動公園サッカー場は収容5,056人とコンパクトながら、地域に根ざしたクラブの象徴的な存在となっている。