フィリップ・ヨアゲンセンは2002年4月16日、スウェーデンのロンマで生まれた。スウェーデン人の母親とデンマーク人の父親を持つ彼は、GIF ニケ・ロンマやマルメFF、マヨルカ島のクラブなどを経て、2017年にスペインの強豪ビジャレアルのアカデミーへ加入した。
ビジャレアルの下部組織で着実に力をつけ、2022年8月にBチームでセグンダ・ディビシオンにプロデビュー。翌2023年1月にはラ・リーガデビューも果たした。2023–24シーズンにはラ・リーガ全体で最多となる143セーブを記録し、リーグを代表するゴールキーパーの一人として広く認められるようになった。なお、ビジャレアルは2020–21シーズンにUEFAヨーロッパリーグを制覇しており、ヨアゲンセンもそのクラブの一員であった。
落ち着いたポジショニングと素早い反応を持つゴールキーパーで、2024年7月にプレミアリーグのチェルシーへ約2000万ポンドで移籍。7年契約を結んだ同クラブでは正ゴールキーパーとして活躍し、2024–25シーズンにUEFAカンファレンスリーグとFIFAクラブワールドカップの2冠達成に貢献。カンファレンスリーグのシーズンベストイレブンにも選出された。
国際舞台ではスウェーデンのU-17およびU-19代表でプレーしたが、2021年5月にデンマーク代表へ切り替え。2025年6月7日、北アイルランドとのフレンドリーマッチでデンマーク代表としての初キャップを獲得し、デンマークは2–1で勝利した。